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学校教育教学质量正逐年提高，在2009年（首届）、2010年高考中，学校克服生源薄弱（广州市第六组生源）的客观困难，连续两年获得普通高中毕业班工作广州市三等奖，南沙区二等奖。学校开办以来，先后获得“十一五”全国教育技术研究重点课题实验基地、全国教育科学“十一五”规划课题实验学校、[[广州市]]绿色学校、广州市优秀家长学校、南沙区体育特色学校、南沙区一级学校、南沙区德育示范学校、南沙区青少年法制教育基地、广州市体育传统项目特色项目学校、广州市学校民主管理工作星级单位、南沙区首批全国现代教育培训中心教育信息化实验基地、学校体育科组被评为2010年广州市优秀体育科组、学校团委被评为2008学年和2009学年南沙区“五四”红旗团委。[[学校]]被评为2008学年南沙区志愿（义工）服务先进集体、2007学年广州市治安内保重点单位先进集体、2008-2010年度南沙区教育系统先进职工之家等荣誉称号 <ref>[https://www.sohu.com/a/228571040_529026 【深读之旅】广州市南沙东涌中学&广州市南沙麒麟中学] ，搜狐，2018-04-17</ref> 。

在2009年首届[[高考]]工作中，克服生源薄弱（广州市第六组生源）的客观困难，超额完成广州市的本科以上预测目标300%、大专A以上预测目标220%，实现上线率60.12%，录取率62.43%。2010届学校超额完成广州市高考预测目标的各批次指标，本科达标率为183%，实现上线率为75.79%，录取率82.21%（其中张凌宵同学以理科总分663分的高分获南沙区理科第一名，被[[哈尔滨工业大学]]录取）。2011届高考再创佳绩，专科以上达标率超市预测目标125%，实现上线率52.9%，录取率89.33%，连续三年获得普通高中毕业班工作广州市三等奖、南沙区二等奖。实现了“低进高出，培优扬特”的育人佳绩，赢得了社会各界的好评 <ref>[https://m.sohu.com/a/304272882_778864/ 【喜讯】广州市南沙麒麟中学《麒麟舞的传承与发展》公开出版发行]，搜狐，2019-03-27</ref> 。