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相傳 [[ 大同 ]] 二年[[弘法大師]]受[[平城天皇]]（806〜09）的勅願御開創的名刹，本尊是薬師如来。萬民尊崇。<ref>[https://www.ko-pri.com/88/ehime/40/40_kanjizaiji.htm 觀自在寺],ko-pri.com</ref>

[[ 平城天皇 ]] 、下賜了「平城山」、 [[ 嵯峨天皇 ]] （在位809〜23）親行到這裡、奉納御朱印『一切経』和『大般若経』、毎年派遣勅使護摩供秘法修行。這地方亦被稱為「御荘」、勅額山号稱為「平城」。

[[寛永]]15年（1638）、 [[ 京都 ]] ・大覚寺的[[空性法親王]]來到四国巡拝宿泊、授與「薬師院」的院号。整備七堂伽藍、末寺48坊、寺領二千數百石而變得隆盛。但是、受到火災而燒毀堂塔、後來成為[[宇和島]]藩主・[[伊達家]]的祈願所而可以回復舊觀、守護法燈。<ref>[https://ohenroqueen.weebly.com/22235222838825152/40 2015 遍路皇后...緣],ohenroqueen.weebly.com</ref>