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2006年1月25日，进行立法委员会选举。哈马斯赢得立法委员会132个席位中的74席。同年3月29日，由哈马斯组建的政府宣誓就职，总理为伊斯梅尔·哈尼亚。
2007年3月17日，法塔赫加入自治政府。同年6月17日，紧急状态下，新政府宣誓就职，萨拉姆·法耶兹担任总理，接替遭解散的哈马斯政府 <ref>[http://news.sohu.com/20070617/n250624760.shtml 背景资料：哈马斯执政后的巴勒斯坦政治大事记]，搜狐，2007-06-17</ref> 。紧急政府可以不通过立法委员会的批准而直接就职。
2017年，巴勒斯坦总统阿巴斯领导的巴勒斯坦民族解放运动（法塔赫）与巴勒斯坦伊斯兰抵抗运动（哈马斯）10月12日在埃及开罗签署协议，同意和解，结束长期分裂的局面。法塔赫与哈马斯在开罗举行为期两天的谈判，最终达成协议，法塔赫将于12月1日前接管由哈马斯控制的加沙地带。
阿拉法特去世后，2005年1月9日，机构主席选举举行。马赫姆得·阿巴斯以62.3%的选票当选。
2006年1月25日，巴勒斯坦立法委员会举行选举 <ref>[http://news.sohu.com/20060126/n241621458.shtml 巴勒斯坦立法委员会选举开始 两大阵营对决(组图)]，搜狐，2006-01-26</ref> ，哈马斯赢得立法委132个席位中的74席，远远超过其他党派。2月18日，立法委员会宣誓就职并召开第一次会议。会议选举哈马斯领导人阿卜杜勒·阿齐兹·杜维克为立法委员会主席。
3月29日，由哈马斯组建的巴勒斯坦新一届自治政府宣誓就职，总理为伊斯梅尔·哈尼亚。
现代，巴民族权力机构已经在加沙地带60%和约旦河西岸42．9%的土地上实行完全自治，巴控制的实际面积约2500平方公里。