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黄连的始载本草为《神农本草经》。   《名医别录》云：“生巫阳川谷及蜀郡、太山，二月八月采。”   《新修本草》云：“蜀道者粗大，节平，味极浓苦，疗渴为最。江东者节如连珠，疗痢大善。今澧州者更胜。”   《四声本草》云：“今出宣州绝佳。东阳亦有，歙州、处州者次。”   《本草图经》曰：“今江、湖、荆、夔州郡亦有，而以宣城者为胜，施、黔者次之。苗高一尺已来。叶似甘菊。四月开花，黄色。六月结实似芹子，色亦黄。二月八月采根用。”   李时珍曰：“其根连珠而色黄，故名。”李时珍又曰：“今虽吴、蜀皆有，惟以雅州、眉州者为良。药物之兴废不同如此。大抵有两种：一种根粗，无毛有珠，如鹰鸡爪形而坚实，色深黄；一种无珠多毛而中虚，黄色稍淡。各有所宜。”根据以上本草所述药材产地和形态特征考证，主要品种为毛茛科植物黄连Coptis chinensisFranch.。其中《新修本草》所云“江东者节如连珠”者，《四声本草》所云产于宣州、东阳、歙州及处州者，《本草图经》所述产于“江、湖”州及“宣城”者，李时珍所述“一种无珠多毛而中虚，黄色稍淡”者，则与毛茛科植物短萼黄连Coptis chinensis Franch.var. brevisepala w.T.Wang et Hsiao相符。