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小丑鱼主题馆为一座位于台湾台东县成功镇成功渔港旁的海洋生物展览中心，又称行政院农业委员会水产试验所东部海洋生物研究中心附设水族生态展示馆，其前身为国立台东海洋生物展览馆（简称台东海生馆） <ref>[https://tv.sohu.com/v/dXMvNjMzMTQ1NDUvMjk3MjQ5MjUuc2h0bWw=.html 海生馆一瞥-旅游视频]，搜狐视频</ref> ，然而因承揽营运之企业不堪亏损提前解约，目前由农委会水产试验所东部海洋生物研究中心代为营运，并改名为小丑鱼主题馆，公办公营方式营运至今。

东部海洋生物研究中心重新接手台东海生馆后，于2009年5月15日以公办公营方式重新对外营业，展馆名称改名为小丑鱼主题馆 <ref>[https://m.sohu.com/a/258142474_100208248 最完整的,最美丽漂亮的小丑鱼科普大全]，搜狐，2018-10-08</ref> ，并以东部海洋生物研究中心主要研究的小丑鱼人工繁殖复育作为展馆展示主轴，也因此成为全台最大的小丑鱼主题展览馆。目前小丑鱼主题馆主要展览各大洋域的小丑鱼生态与种类，并拥有全台唯一的水质维生系统设备展示区，其他馆区另设有东部河川、淡水观赏鱼类展示区、礁岩鱼类展示区以及呈现台湾东部洄游性生物的大洋池。