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庙方在2004年4月27日的掷筊结果为改建，举行[[仪式]]时有文史团体前往抗议。屏东县政府则依古迹审查程序于同年5月27日公告此庙公告为三级古迹，庙方得知后在同年6月由时任主委的蔡顺和带队至县府抗议。蔡顺和后来表示九如三山国王信徒有一千五百多人，有九百多人同意重建，只有七十多人支持保存。指定为古迹后，政府未能展开修复工程，2006年恒春地震，此庙燕尾断落、主殿梁柱坍塌，古迹毁损更加严重。