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5月31日驻澎日军接获首任台湾总督桦山资纪从台湾三貂角发出的训令，隔天收到日军大本营的电报，驻澎日军即刻改归台湾总督直辖，之后在桦山资纪命令下，混成支队步兵第十二联队第二大队第五、六中队留下守卫澎湖，除了病患、相关人员等之外的混成支队士兵于6月3日从妈宫港出发，隔天抵达鸡笼，在向台湾总督报到后，于6月9日上陆负责基隆一带的守备。