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经历921地震后，农委会依照文化资产保存法第49条细则第72条规定，以地震造成[[崩坍]]、断崖等特殊地景为保育对象，因此由林务局于1999年10月提出九九峰严重崩坍区域划为自然保留区，同年12月完成规划报告书，将一千两百公顷所属严重崩坍地且人类不易到达之区划设，供学术研究与户外教学之用，翌年5月22日正式成立“[[九九峰自然保留区]]” <ref>[http://www.tansuozhimi.cn/shijiezhizui/27656.html 世界上最多山峰聚集的自然保留区 九九峰自然保留区【图】 ]，探秘啦，2019-05-04</ref> 。

九九峰周边有双冬断层、龟蒲断层，但并未由这两断层所触发地震，而是受到车笼埔断层引发921地震而使表土裸露。在自然保留区境内崩坍面积总达729.36公顷，其中以第15林班崩坍区域最为广泛，相对位居国姓乡第20林班，受到地震影响并不大，是全部崩坍面积最小的林班地。实际上，多数崩坍地分布于山头，平均[[海拔]]皆在400米以上，而且所造成地形景观宛如一根根玉笋伫立，因此地震之后，对于有立即危害之区域进行整治、植栽，避免[[土石流]]危害周边民居与损害范围扩大，在九九峰境内的河川可见得有箱涵工法或蛇笼筑坝整治 <ref>[http://www.docin.com/p-88409701.html 以遙測衛星影像評析921地震後九九峰植生復育成效 ]，豆丁网，2010-10-15 </ref> 。