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中华民国海军随后派遣直升机和水面舰艇展开搜寻，国防部参谋本部参谋总长严德发上将也率领专案小组前往高雄调查。军方也立刻通报中华民国国家安全会议，由后者负责处理后续海峡两岸关系的问题。国防部海军司令部参谋长梅家树中将之后召开紧急记者会，表示初步了解应该是操作人员未按照正常程序而造成误射，并将在行政调查后追究相关责任。在传出事发海域有渔船爆炸并造成人员伤亡的消息之后，办案人员初步认定应与导弹误击无关，将进一步鉴定和调查。7月1日下午，国防部再次召开记者会，会上国防部发言人陈中吉少将证实导弹造成一死三伤，并对此表达十二万分歉意，也要求海军司令部全力做好慰问和相关协助事项，国防部不会推诿。