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1987年，圆通寺塔被列为甘肃省文物保护单位:181。1994年，甘肃省文化厅文物处曾拨出专款对该塔进行维修。2001年，该塔被列为全国重点文物保护单位。2002年11月7日，圆通寺塔上的铜质、铁质佛像共计4尊被盗走。这4座佛像后于2003年全部追回，盗窃者也被全部抓获。2013年，圆通寺塔的保护规划正式获得国家文物局批复同意。