1948年[[国共内战]]期间郭沫若因为考古学和甲骨文研究的巨大成就而当选为第一届[[中央研究院]]院士。台湾中研院近代史研究所[[潘光哲]]研究员在《知识场域的桂冠：从第一届中研院院士的选举谈起》一文叙述了这次中研院院士选举和郭沫若的当选过程。<ref>潘光哲，《知识场域的桂冠：从第一届中研院院士的选举谈起》：“学者之间，对于谁可以荣膺这顶知识场域的桂冠，各有想法，各有所见；更令人惊异的是，‘政治立场’居然也可以成为‘封杀’某人如郭沫若列居院士候选人的理由。“知场域”里的权力关系，于此思过半矣。还好，有夏鼐的“临门一脚”外加那十三位中研院评议员的学术理性，政治／学术的“异端”，也可以找到他们的生存空间，乃至于扬名立世（当然，郭沫若大概对此荣衔“不屑一顾”罢？他并未出席第一届中研院院士会议）。从第一届中研院院士的选举来看，中央研究院作为当时的学术界里的一方学术净土，还是自有其学术独立自主运作的空间。待得一九四九年之後，以郭沫若為院長的中國科學院，卻顯然不是這樣學術傳統的繼承者。誰可以榮享中華人民共和國的知識場域的桂冠（及隨之而來的高級生活待遇），只有以政治為標準；至於其中轉折，那則是另外一段故事了。”</ref>
===中華人民共和國建國後===
[[File:195201 郭沫若荣获加强国际和平 斯大林国际奖金.png|thumb|220px|1952年郭沫若領取[[列寧和平獎|加强国际和平-斯大林国际奖金]]。]]
[[中華人民共和國]]建国后，郭沫若长期担任[[中国科学院]]院长、[[中国文联]]主席两职位，并曾任[[中央人民政府委员]]、政务院副总理兼文化教育委员会主任、中国科学院哲学社会科学部主任、历史研究所第一所所长、[[中国科学技术大学]]校长、[[中国人民保卫世界和平委员会]]委员、中日友好协会名譽会长等职。在中国共产党第八、九、十一次大会上，被选为中央委员；在第一至五届全国人民代表大会，均被选为常务委员会副委员长；并任全国政协第一届全国委员会副主席、第四届常务委员，第二、三、五届副主席。
1951年郭沫若獲頒[[蘇聯]][[列寧和平獎|国际斯大林奖]]。
1955年4月1日《人民日报》发表郭沫若的文章《反社会主义的胡风纲领》，对胡风的三十万言书进行逐一批判。
1958年郭沫若重新加入中國共產黨。
1959年至1960年，郭沫若先後創作了以「翻案」為主旨的歷史劇《[[蔡文姬]]》與《[[武則天]]》。
1962年，為了紀念[[鄭成功]]逝世三百週年，郭沫若創作了電影劇本《鄭成功》，但因不久後即爆發[[文化大革命]]，未能拍攝。
1966年初，“[[文化大革命]]”正式爆發前夕，郭沫若以中國文聯主席身份在全國工農兵文藝工作會議上發表講話自我批判，宣稱“拿今天的标准来讲，我以前所写的东西，严格地说，应该全部把它烧掉，没有一点价值。”<ref>[http://paper.people.com.cn/rmwz/html/2010-06/01/content_576349.htm 郭沫若最后的岁月]</ref>，令全國知識份子驚訝恐慌。
“文革”初期，郭沫若被批判，很快就得到了特别保护{{NoteTag|在周恩来的提议下，毛泽东批准了一个“[[一份应予保护的干部名单]]”，主要包括「高级民主人士」，郭沫若被列为第二位。完整名单如下：[[宋庆龄]]、'''郭沫若'''、[[章士钊]]、[[程潜]]、[[何香凝]]、[[傅作义]]、[[张治中]]、[[邵力子]]、[[蒋光鼐]]、[[蔡廷锴]]、[[沙千里]]、[[张奚若]]、[[李宗仁]]。}}。
1971年，郭沫若發表學術論著《李白與杜甫》，该书肯定了同为[[浪漫主义]]诗人的[[李白]]，同时反对将具有浓厚忠君思想的[[杜甫]]当作[[圣人]]对待<ref>郭沫若就《李白与杜甫》一书给[[胡曾伟]]的复信：“胡曾伟同志：您的信和《石嚎吏》译释，都拜读了。我基本上同意您的见解。杜甫应该肯定，我不反对，我所反对的是把杜甫当为“圣人”，当为“它布”（taboo音譯，即禁忌），神圣不可侵犯。于家注杜，太求甚解。李白，我肯定了他，但也不是全面肯定。一家注李，太不求甚解。草草奉复，不能多写，乞谅。祝 健康 七七年一月二十八日</ref>。
1978年3月，郭沫若发表了《[[科学的春天]]》的书面报告（内容實為原[[中共中央宣传部]]国际宣传处干部[[胡平]]起草），号召[[知识分子]]钻研学术。
1978年6月12日，郭沫若在北京逝世。根据其遗嘱，郭的骨灰洒在[[山西省]][[昔阳县]][[大寨]][[人民公社]]的[[梯田]]中。