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楊思標於1978年至1984年擔任[[台灣大學醫學院附設醫院]]院長，1983年又兼任台大醫學院院長。早期的台大醫院內科並未細分次專科，只分第一內科、第二內科、第三內科，楊思標於臺大醫院內科部首創了胸腔內科。在楊思標擔任臺大醫院院長之前，因台大醫院屬於公立醫院，薪水受公務員薪資制度的限制，因此許多醫師會兼職或者另外開業。楊思標院長就任前的前任院長[[李鎮源]]於任職期間，希望能夠推動專勤制度，減少此類兼差情形，可惜並未成功，直至楊思標就任後，才終於克服了反對聲浪推動專勤制度，調整了台大醫師的待遇，並提供專任加給 。<br><br>楊思標任職於臺大院長期間，臺大醫院成功完成臺灣首例、亞洲第三例的三肢坐骨連體嬰分離手術。並於1979年初帶領臺大醫院積極參與「中沙醫療團合作計畫」，擔任中沙醫療團團長。任內也積極協助花蓮慈濟醫院的創設，並促成了日後台大與花蓮慈院建教合作的模式。<br><br>'''退休'''<br><br>1989年，楊思標自台大醫院退休，並於9月17日起擔任甫成立的[[慈濟護理專科學校]]首任校長，隔年6月30日退休。自退休後截至2018年，楊思標仍每周往返台北和花蓮，於花蓮慈濟醫院教學看診 。