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20世纪80年代末至90年代初，当时还属于[[番禺市]]的南沙因离番禺市区遥远且交通不便，被戏称为番禺的“西伯利亚”。祖籍南沙的[[香港]]著名富商霍英东于那时开始了将其打造成 [[ 现代化 ]][[ 海滨 ]] 新城的大计划。第一代南沙客运港作为这座新城通往港澳等地重要的交通配套工程，由霍英东家族财团与当时的番禺市南沙开发区合资建设，于1992年2月2日成立番禺南沙港客运有限公司，同年码头建成并投入使用。至2003年为止，第一代南沙客运港已累计输送816万人次的旅客来往[[南沙]]与港澳之间。2000年10月，[[投资]]1.1亿元，位于现址的第二代南沙客运港开始建设，并于2004年7月取代第一代南沙客运港而开始运营。2010年6月29日开通往返[[澳门]]外港客运码头的班次，但于2011年1月4日起取消往返澳门平日船班，目前澳门航线已暂时停航。2017年7月19日，[[码头]]增设港澳通行签证自助终端，方便旅客现场办理赴港手续。