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洛克菲勒退休后致力于慈善事业，主要是教育和医药领域。他在1897年正式结束对标准石油的直接管理，但保持了大部分的股权。他出资成立洛克菲勒研究所，资助北美医学研究，包括根除十二指肠寄生虫和黄热病，帮助了野口英世的研究，也对抗生素的发现贡献甚大。另外，他对黑人族群非常关照，并斥巨资提升黑人教育，广设学校。他也是个虔诚的北浸礼会教友，并且在他的一生中支持了很多教会背景的机构。
1884年，它提供了主要资金给一所在亚特兰大的黑人女子大学，这就是未来的 [[ 斯贝尔曼学院 ]] 。该校最古老的一栋建筑，洛克菲勒大厅，以它命名。他也提供了资金给丹尼森大学与其他浸信会大学。
1900年，洛克菲勒提供了8000万美元给芝加哥大学，让当时浸信会学校成为世界级的顶尖大学。