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2004年4月，乌鲁木齐铁路法院系统开通了[[局域网]]，此后基本实现了无纸化办公 <ref>[http://xalhfy.chinacourt.gov.cn/article/detail/2009/12/id/3079027.shtml 我所了解的乌鲁木齐铁路运输法院]，陕西省西安市莲湖区人民法院网，2009-12-28</ref> 。

2012年6月25日，乌鲁木齐铁路运输法院、[[检察院]]移交协议签字仪式在乌鲁木齐市举行 <ref>[http://news.sohu.com/20120626/n346504477.shtml 乌鲁木齐铁路局两级法院检察院正式移交于地方]，搜狐，2012-06-26</ref> 。最高人民法院政治部副主任宋建朝、铁道部政策法规司副司长魏南珍出席仪式。中共新疆维吾尔自治区党委常委、政法委书记熊选国出席[[仪式]]并讲话，中共新疆维吾尔自治区党委副秘书长、政法委常务副书记郭永辉主持签字仪式。新疆维吾尔自治区高级人民法院院长乃依木·亚森、新疆维吾尔自治区人民检察院党组书记、副检察长杨肇季与[[乌鲁木齐铁路局]]局长唐士晟分别在《铁路法院移交协议》、《铁路检察院移交协议》上签字。由此，原乌鲁木齐铁路局下辖的两级铁路运输法院、检察院分别移交新疆维吾尔自治区高级人民法院、[[新疆维吾尔自治区人民检察院]]。乌鲁木齐铁路运输中级法院的辖区是乌鲁木齐铁路局、[[北疆铁路]]公司的管界。