在战争策略方面，林肯认为有两者需要优先考虑：需要保证华盛顿防卫得当，以及积极出战，以满足北方对迅速和决定性胜利的渴求；主要的北方报纸认为应当在90日内赢下战争<ref>Donald (1996), pp. 295–296.</ref>。林肯每周两次在下午同内阁会晤，玛丽·托德偶尔会要求他乘车，担心他工作得过于辛苦<ref>Donald (1996), pp. 391–392.</ref>。林肯从参谋长[[亨利·韦杰·哈勒克|亨利·哈勒克]]将军（欧洲军事策略家[[安东莞·亨利·约米尼|约米尼]]的学生）处学到控制战略要地的重要性，例如密西西比河<ref>Ambrose, pp. 7, 66, 159.</ref>；同时他也明白[[维克斯堡 (密西西比州)|维克斯堡]]的重要性，并明白击败敌军要比占领土地重要<ref>Donald (1996), pp. 432–436.</ref>。
===麦克莱伦将军===
[[File:Lincoln and McClellan 1862-10-03.jpg|thumb|250px|林肯和麦克莱伦在1862年安提塔姆战役之后。]]
1861年，在联邦于[[第一次马纳萨斯战役]]中败北和年老的[[温菲尔德·斯科特]]宣布退役之后，林肯任命[[乔治·B·麦克莱伦]]为全联邦军队总司令<ref>Donald (1996), pp. 318–319.</ref>。麦克莱伦是一名年轻的西点军校毕业生、铁路公司经理和宾夕法尼亚州民主党人。他花了数个月计划和实施{{Link-en|半岛战役|Peninsula Campaign}}，比林肯希望的时间要长。战役的目的是将[[波多马克军团]]通过船运运上半岛，登陆并占领邦联首都里士满。麦克莱伦不断的延迟，以及他所持的华盛顿不需要军队防卫的观点使林肯和国会感到不满。林肯坚持要求麦克莱伦必须拿出一些军队来保卫首都；而始终高估邦联的军力的麦克莱伦则将半岛战役的失败怪罪于此<ref>Donald (1996), pp. 349–352.</ref>。
1862年3月，林肯撤换麦克莱伦，任命[[亨利·韦杰·哈勒克]]为总司令，原因是麦克莱伦在《哈里森登陆信》中向林肯建议在战争中应当谨慎<ref>Donald (1996), pp. 360–361.</ref>。麦克莱伦的信件激怒激进共和党人，他们成功使林肯任命共和党人{{Link-en|约翰·波普 (军官)|John Pope (military officer)|约翰·波普}}为[[弗吉尼亚军团]]指挥官。波普同意林肯从北攻击里士满从而保护首都的战略意图<ref name="Nevins 1960, pp. 2:159–162">Nevins (1960), pp. 2:159–162.</ref>。
然而由于没有得到此时指挥波托马克集团军的麦克莱伦的支援，波普于1862年夏天在[[第二次马纳沙斯之役]]中大败，波托马克集团军被迫第二次保卫华盛顿<ref name="Nevins 1960, pp. 2:159–162"/>。1862年，战争同时拓展到海上，邦联“弗吉尼亚号”于[[汉普顿锚地海战]]中在弗吉尼亚州诺福克击损三艘联邦舰船，然后被联邦“莫尼特号”击损。林肯仔细评估战况，并质问海军军官<ref>Donald (1996), pp. 339–340.</ref>。
林肯虽然对麦克莱伦没有支援波普感到不满，但受情况所迫，将华盛顿附近所有军队的指挥权重新交给他，由此也使除苏厄德之外的所有内阁成员感到失望<ref>Goodwin, pp. 478–479.</ref>。两天之后，[[罗伯特·李|罗伯特·E·李]]将军的军队跨过[[波托马克河]]进入马里兰，导致1862年9月{{Link-en|安提塔姆战役|Battle of Antietam}}的爆发<ref>Goodwin, pp. 478–480.</ref>。这是美国历史上最为惨烈的战役，但联邦军的胜利使林肯得以在次年1月公布《[[解放奴隶宣言]]》。林肯已经在之前起草好宣言，只等待着一场胜利，由此才不会被认为这是走投无路之举<ref>Goodwin, p. 481.</ref>。
麦克莱伦拒绝林肯追赶李的军队的要求，而{{Link-en|唐·卡洛斯·布尔|Don Carlos Buell}}将军也拒绝让{{Link-en|俄亥俄军团|Army of the Ohio}}攻击东田纳西的叛军。由此林肯撤换布尔，以{{Link-en|威廉·罗斯克兰斯|William Rosecrans}}取代之；在1862年中期选举之后，他用共和党人{{Link-en|安布罗斯·伯恩赛德|Ambrose Burnside}}取代麦克莱伦。这两人在政治上都属温和派，也都更支持林肯<ref>Donald (1996), pp. 389–390.</ref>。
[[Image:Union soldiers entrenched along the west bank of the Rappahannock River at Fredericksburg, Virginia (111-B-157).jpg|thumb|left|250px|马耶高地前的联邦军，第二次弗雷德里克斯堡前。]]
伯恩赛德拒绝林肯的建议，提前跨过[[拉帕汉诺克河]]，并于12月[[弗雷德里克斯堡之役|在弗雷德里克斯堡被李击败]]。伯恩赛德不只在战场上失利，他的军队同时也丧失心气和纪律。1863年的逃兵数量上千，而在弗雷德里克斯堡之役后这一数目增加<ref>Donald (1996), pp. 429–431.</ref>。林肯起用[[约瑟夫·胡克]]，虽然后者曾出口不慎，声称需要实施军事独裁<ref>Nevins 6:433-44</ref>。
在1862年中期选举，共和党遭遇严重损失，主要原因是公众对于政府没能迅速结战争、通货膨胀、高税负、腐败传言、人身保护令的废止和[[征兵制|义务兵役法]]感到不满，并且担心获得自由的奴隶会扰乱劳动市场。9月的《解放奴隶宣言》使共和党在新英格兰的乡村地区以及中西部北部获得选票，但在中西部南部和城市中则失去选票<ref name="ReferenceA">Nevins vol 6 pp. 318–322, quote on p. 322.</ref>。
共和党受到阻碍，而民主党则获得激励，在宾夕法尼亚、俄亥俄、印第安纳和纽约发挥出色。共和党得以在国会中和主要的州（除纽约）中占据多数。《辛辛那提公报》认为选民“对于无止尽的战争状况，以及国家资源快速消耗但国家却没有发展进步而感到沮丧<ref name="ReferenceA"/>。”
1863年春，林肯对于接下来的军事行动十分乐观，以至于他认为只要通过一系列的胜利就能尽快促成战争的结束；战争的计划包括胡克在里士满北部对李的进攻、罗斯克兰斯对查塔努加的进攻、格兰特对维克斯堡的进攻，以及对查尔斯顿的海上进攻<ref>Donald (1996), pp. 422–423.</ref>。
胡克在5月的[[钱斯勒斯维尔战役]]中被李击溃<ref>Nevins 6:432–450.</ref>，但仍然继续指挥几周的军队。他无视林肯的命令，分散兵力，而这可能迫使李在[[哈珀斯费里 (西弗吉尼亚州)|哈珀斯费里]]也做出同样的决策；胡克提交辞呈，林肯也予以接受，并任命[[乔治·米德]]取代之。米德跟随李进入宾夕法尼亚，展开[[葛底斯堡战役]]并为联邦取得胜利，但没能捕获李的军队。与此同时，在初期遭遇失败后，格兰特对维克斯堡实行包围，而联邦海军则在查尔斯顿港取得一定程度的胜利<ref>Donald (1996), pp. 444–447.</ref>。在葛底斯堡战役之后，林肯意识到他的军事决策如果通过战争部长或总指挥传达给将军，将会更加有效（将军们不喜欢林肯直接干预策略）。即便如此，林肯仍时常以总司令的身份向将军们作出详细的指示<ref>Donald (1996), p. 446.</ref>。
===解放奴隶宣言===