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11点49分前后，一名在事件发生时身份不明、曾一度被怀疑可能是劫机恐怖份子的男子进入驾驶舱，但事后经DNA鉴定遗体后确认当时进入驾驶舱的是正在接受飞行训练的该航班男性空服员安垂亚·波若德莫（Andreas Prodromou）与他相同航班的[[空服员]]女友，其中波若德莫坐上正机长席试图挽救飞机。虽然拥有商用驾驶员执照（Commercial Pilot License）:154，且曾接受过约260至270小时飞行训练的他却并未受过驾驶[[波音737]]的训练，他只成功的解除了客机的自动驾驶模式以手动方式操作，但最后飞机仍因燃料不足失去动力而坠毁。根据自坠机残骸中回收的四只便携式氧气瓶中，有三只的筏门处于开启状态的事证研判，原本人在后舱的两名空服员应是利用了便携式 [[ 氧气瓶 ]] ，而得以在舱压尽失、全机乘客与组员皆昏迷的状态下保持清醒:126。但因为自911事件后为了提升驾驶舱的保全避免不肖份子侵入，ZU-522已经装设了驾驶舱门锁，只能由驾驶员由驾驶舱内开启，或由知道正确密码的人员由后舱解除门锁。根据座舱通话[[ 纪录器]] 内的资料并配合F-16[[飞行员]]的佐证，波若德莫是在客机进行第十次盘旋绕行时，于11时48分05秒成功解除驾驶舱门锁，进入驾驶舱。但就在他进入驾驶舱内刚坐定的49分50秒时，左引擎就因燃料耗尽而熄火。在引擎熄火后，不规则的飞行[[轨迹]]证实当时空服员曾尝试手动控制客机的飞行，并同时进行多达五次的“MAYDAY”呼救，但当时因为机上的无线电一直保持在离开塞浦路斯时的频率设定，因此[[麦克风]]虽然录到波若德莫的求救声，但希腊的地面航管人员从未与他顺利连络上，直到客机坠毁。根据F-16飞行员的目击与地面撞击的痕迹，事故调查确认波若德莫一直到坠毁前都还在尝试要保持机身姿势的水平，以减轻撞击力道:127。调查报告指出，虽然波若德莫曾一度注意到F-16飞行员的手势，但他并没有顺利操纵客机跟随上护航的战机。报告的结论认为以他的飞行经验，在当时缺氧且处于极度压力的环境下，任何人都不足以拥有重新控制一架因油料耗尽而引擎熄火的波音737之能力:127。