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医院具有骨科、肾内科、神经外科、泌尿外科、整形外科、急救科等传统优势学科。1960年，长征医院医学教育家屠开元成功进行了中国首例断肢再植动物实验。1978年6月，医院在中国内地率先进行肾脏移植。1985年，何清廉教授完成了中国内地第一例公开报道的变性手术。1996年，傅志仁教授手术创下中国内地存活时间最长的单次原位全肝移植。在2018年度国家科学技术奖励大会上，医院神经外科主任侯立军教授牵头完成的“海上作业重要伤病防护与救治关键技术及其体系创新”项目荣获2018年度国家科技进步奖一等奖；泌尿外科主任王林辉教授领衔的“肾癌外科治疗体系创新及关键技术的应用推广”研究项目获2018年度国家科技进步奖二等奖。根据新华社2019年7月31日消息，中央军委主席习近平日前签署通令，给原第二军医大学第二附属医院神经外科主任、主任医师、教授侯立军记一等功。