由于80年代末起，南京夜间光污染严重，紫金山天文台的晚间专业观测的功能受到严重影响，此外受到灰霾的影响天文台需要更为频繁的花费大量经费擦拭镜头，又考虑到紫金山天文台的主要观测工作，已由青海德令哈等外地优良观测台址承担，紫金山的天文观测项目逐步减少，除仅保留一些太阳黑子、太阳射电、太阳光谱等白天进行的观测项目，主要以开放游客参观，担当天文博物馆的功能 。1996年，国务院将紫金山天文台以国立紫金山天文台旧址名义列入第四批全国重点文物保护单位。