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高能所是高能物理学会、粒子加速器学会、同步辐射专业委员会、核电子学与探测技术学会、引力与相对论专业委员会、中国毒理学会纳米毒理学专业委员会的挂靠单位；主办的刊物有《中国物理C》（月刊）、《现代物理知识》（科普双月刊）。