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台灣教授協會的由來，據創會會員[[陳儀深]]撰述於1990年12月9日[[民眾日報]]，1990年8月下旬，一群在美國取得博士學位歸國擔任教職的朋友，與在[[臺灣]]取得學位的擔任教職朋友 相談， 討論臺灣政治經濟現況，席間形成「組織社團」的共識，原先討論多種名稱，最終於以「台灣敎授協會」（TAUP）作爲名稱，同年12月9日於臺北市舉辦成立大會、第一次會員大會，以及第一場的演講會，主題爲「臺灣前途的探討」，並於1991年1月5日出版第一期會務通訊。 當時社會輿論將台灣教授協會與澄社、臺灣民主基金會或中華論政學社來相比，但陳文中認爲，台灣教授協會主要與其他社團不同之處，在於統獨立場，協會主張台灣獨立。首任會長林玉体於1990年12月9日自立晚報〈臺灣教授協會成立的歷史意義〉中表示，台教會成立有以下兩點特徵：