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觉生寺始建于清雍正十一年（1733年），由雍正帝下旨敕建，到雍正十二年（1734年）冬天正式获赐名觉生寺，现时觉生寺山门的“敕建觉生寺”匾额乃由雍正帝御笔手书。根据雍正帝在雍正十二年（1734年）所立的《敕建觉生寺碑文》记载，雍正帝选址西直门外曾家庄（今海淀区内）建寺，乃在于该处高朗干爽，林木佳茂，而且“右隔尘市之嚣，左绕山川之胜”，适宜用作“寂静清修之地”。该碑文又记载，雍正帝有云“以无觉之觉，觉不生之生……所谓觉生也”，是故雍正帝为寺庙取名觉生寺，希望借佛寺“振其大觉之道，达夫正觉之旨”。

大钟寺在清末渐渐从皇家寺庙过渡成为平民化的寺庙，除了成为修道场所外，每年的农历正月初一至十五更会举行盛大庙会，并且是北京“八大传统庙会”之一。民国立国后，大钟寺曾先后在1929年及1936年向北平市公安局和社会局进行登记，获得了礼佛的执照。

历经第二次世界大战和中华人民共和国立国后，大钟寺曾在1957年10月28日被北京市公布为第一批市级文物保护单位，惟寺庙长年无人打理，日久失修，而且还被工厂占用，寺内除了永乐大钟尚仍留存外，其他文物一概尽失。后来文化大革命完结后，大钟寺寺内建筑凄凉破败，极需维护，北京市政府遂于1980年2月批准成立大钟寺文物保管所，后又于1984年11月批准成立大钟寺古钟博物馆，开始对全寺展开修缮工程，终于在1985年10月正式开放，并举行了建馆典礼。