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1990年停用後，橋梁上部的鋼鈑梁被[[臺灣鐵路管理局|台鐵]]立即拆除，交由台鐵鋼梁隊再利用，或是就地標售；下部結構的[[橋墩]]因為與[[台1線]]公路橋（舊[[後龍溪橋 (台1線)|後龍溪橋]]）共用而保留。在[[台1線]]縱貫公路後龍～通霄段和[[後龍溪橋 (台1線)|後龍溪橋]]拓寬后<ref>交通部：[[中華民國]]81年《交通年鑑》，[[臺北市]]，1993年10月10日，頁286～290。</ref>，原一代橋墩停用<ref>〈原後龍大橋舊[[橋墩]]未拆 不阻礙水流〉，《[[中國時報]]》，1995年12月20日，第14版。</ref> ，已於近年拆除。

配合「新港溪橋及其引道改建工程」（[[後龍車站|後龍站]]高架化工程）施工，2003年5月起，原複線橋梁近[[後龍車站]]端的橋上設置臨時號誌站，以短距離單線鐵路連結[[後龍車站]]站場<ref>杜怡和，〈後龍站高架化工程〉，[[中華民國鐵道文化協會]]《[[鐵道情報]]》第145期（2003年7月號）。</ref>； 至2009年6月30日[[後龍車站|後龍站]]高架車站正式啟用後，二代橋橋頭端恢復為複線。

第二代下後龍溪橋完工後，[[臺灣鐵路管理局|台鐵]]於橋南設立「後龍靖海」碑，並於碑座鑲上〈鐵路沿線廿四座老舊橋樑重建紀要〉及〈下後龍溪橋重建記〉，說明橋梁重建始末。<ref>[https://www.rb.gov.tw/public/files/artsinfo/1526559910-0.pdf 鐵路改建工程局三十週年工程實務論文集]，鐵路改建工程局</ref>