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阎若璩二十岁读《[[尚书]]》，发现古文尚书有可疑之处，遂穷三十八年的研究考证，写成《尚书古文疏证》八卷。《尚书古文疏证》一书“事必求其根柢，言必求其依据”，此书列举了一百二十八条证据，将[[孔安国]]传古文《尚书》判定为伪书，认为《古文尚书》为东晋梅赜所伪。閰氏首先依《汉书》〈儒林传〉、〈艺文志〉及〈楚元王传〉的记载，确定古文尚书出自孔壁，为[[鲁恭王]]坏孔子宅时所发现。并确定古文尚书的篇数即今文尚书篇数再加十六篇。接着閰氏再确认真本《古文尚书》亡于永嘉之乱的结论。到了[[东晋]]元帝时豫章内史梅赜所献《尚书》却多出二十五篇，此二十五篇“无论其文辞格制迥然不类，而只此篇数之不合，伪为可知也”。接下来，閰氏透过各种实证法确立二十五篇古文为伪，包括使用实证法与虚会法。实证法中又包含了用引文比对的方法,典礼制度和史实的考证法及训诂、书例辨证法。例如，第31条提到“人心惟危，道心惟微，惟精惟一，允执厥中”，前三句出自《[[荀子]]》所引《道经》，“允执厥中”则出自《论语·尧曰第二十》。第64条提到〈胤征〉有“玉石俱焚”之语为出自魏晋年间。另又指出孔传有与地理沿革不合者，第87条提到积石山在[[汉昭帝]]时才置金城郡，孔传却说积石山在金城西南；第88条提到瀍水出谷城县，到了[[晋朝]]才划入河南，孔传却说其出自河南北山。

[[纪昀]]曾指出《疏证》编次欠条理，“支蔓”太多，“衍及旁文，动盈卷帙”，有时支蔓文竟可达数万言。无怪乎毛奇龄批评其“旁搜曲引，吹毛索瘢，锻炼成狱”。閰氏在世时，此书仅有抄本流传，后由其孙閰学林刊刻，即乾隆十年眷西堂刻本。今传《古文尚书疏证》只有九十九条，“有目无文”者十二条、“目文全缺”者十七条。[[钱穆]]已注意到閰氏撰《疏证》引用梅𬸦《尚书考异》内容极多，而多不明引。一说閰氏晚年对《疏证》多有所删节，可能是为了隐瞒大量引用《尚书考异》而不加注明的困扰。