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1905年（27歲），連橫再一次離開[[臺灣]]，在[[福建]][[廈門]]創辦《[[福建日日新聞]]》，可是《福建日日新聞》於同年即關閉，關閉的原因，有不同的說法:
*連橫兒子[[連震東]]認為，該報「鼓吹[[排滿]]。當時在[[南洋]]的[[中國同盟會|同盟會]]同志閱報大喜，派閩人[[林竹癡]]先生來廈門，商討改組為同盟會機關報。嗣以清廷忌先生之言論，飭吏向駐廈日本領事館抗議，遂遭封閉。」<ref name="連震東1962a">{{Cite book |chapter= 連橫 (1962年). " 〈附錄連雅堂先生家傳〉|author=連橫|title= ". 《台灣通史》|pages=頁1051-58|location= . 台北|publisher= : 台灣銀行經濟研究室 |date=1962年}}. pp. 頁1051–58.</ref>{{rp|1052}}
*連橫的朋友[[林申生]]認為，該報關門的原因為，「緣該報社之組織不健全，非清吏向日人抗議之結果；日人特聽其自生自滅耳」<ref name="陳柔縉"/>。
*和連橫親近的門生[[張振樑]]認為，「乃其時台局粗定，日人招徠台人故」<ref name="陳柔縉"/>。
1908年（30歲），連橫舉家遷到[[台中]]，任職於台中發行的《[[台灣新聞]]》漢文部。同年，連橫開始撰寫《台灣通史》。
1909年（31歲），連橫與友人林癡仙、[[賴紹堯]]、[[林幼春]]等人創[[櫟社]]，以道德文章相切磋<ref name="連震東1962a"/><ref name="連震東1962b">{{Cite book|chapter= 連橫 (1962年). " 〈連雅堂先生年表〉|author=連橫|title= ". 《台灣通史》|pages=頁1059-63 |location= . 台北 | publisher= : 台灣銀行經濟研究室 |date=1962年}}. pp. 頁1059–63.</ref>。（註：依據傅錫祺櫟社沿革誌略，櫟社係於1902年由霧峰[[林癡仙]]（俊堂）、[[林南強]]（幼春）、燕霧大莊[[賴悔之]]（紹堯）三子始結詩社，名之曰「櫟」，連橫係1911年初加盟為櫟社社友<ref>傅錫祺 櫟社沿革誌略</ref>；1930年連橫3月2日之《[[鴉片有益論]]》引發[[林獻堂]]等人大怒，4月2日，櫟社總會不以《鴉片有益論》破門，而以「十六回開會未出席」，技巧性地把連橫退社<ref>林獻堂《灌園先生日記》</ref>。
連橫34歲時（1912年），經由[[日本]]再度赴[[中國]]旅遊，先抵達[[上海]]，與女弟子[[王香禪]]見面<ref name="臺灣人物叢譚">{{cite book |author=陳運棟|title=〈談藝旦王罔市到詩人王香嬋〉，《臺灣人物叢譚》|date=1978|publisher=七燈出版社|location=台灣|language=zh-tw|isbn=}}</ref>，再遊[[南京]]、[[杭州]]等地。