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潮間帶泥灘主要是指海洋和陸地交接，以泥土為基質的地方。公園內的泥灘佔地5公頃，模仿后海灣的 [[ 潮間帶 ]] 泥灘而建。泥灘主要用以吸引各類型的涉禽，特別是過境遷徙的水鳥。跟其他海岸環境一樣，泥灘也會受到潮汐的影響，被潮水淹沒或外露，因此我們在泥灘旁設置水閘，控制潮水的進入和排出，從而控制泥灘內的水位高低。每當潮漲，后海灣的泥灘被潮水淹沒時，公園的泥灘還可以維持較低水位，讓各種水鳥在此覓食。

台灣的泥灘棲地上，最特殊的是棲息一種台灣特有種的台灣招潮。往往整片海灘一眼望去都是這種 [[ 招潮蟹 ]] ，特別是接近高潮線的地區，很少夾雜其他種類的招潮蟹。較有趣的是台灣招潮會在小潮乾旱時建造大型煙囪，雌雄在煙囪下的洞穴中進行地下交配，目前這種特殊行為還沒有在其他種類的招潮蟹發現過。然而，由於這類海岸在小潮時海水無法淹沒，因而形成十分乾旱的景象，往往被認為是無用的廢地而任意加以開發，最明顯的就是挖掘成私人魚塭以及建造工業區，近年來，由於垃圾問題日益嚴重，因此也常選擇這類海岸當作垃圾掩埋場，造成台灣招潮棲息地的嚴重破壞。同樣是穴居，但躲在洞內活動的則是俗稱「鹿港蝦猴」的美食 [[ 螻蛄蝦 ]] ，由於抱卵的雌蝦具有很高的經濟價值，這類原本廣泛分布於台灣西海岸泥灘地的異尾蝦類，也遭受到濫捕的命運。其他較重要的經濟動物則是貝類，包括文蛤、西施舌、 [[ 牡蠣 ]] 、蟶等，特別是牡蠣和文蛤都已有大量的養殖，因此有較多繁殖、營養、污染、寄生等養殖方面的研究。