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1992年10月，升级为[[国家]]级自然保护区。
1996年，成立广西合浦儒艮国家级自然保护区管理站 <ref>[http://jz.docin.com/p-412059457.html 广西北海海洋环境监测中心站 广西合浦儒艮国家级自然保护区管理站]，豆丁网，2012-5-29</ref> 。
==管理机构==
*开展对儒艮和中华白海豚和[[布氏鲸]][[蓝鲸]]和[[江豚]]和[[鲸鲨]]和[[海龟]]等珍稀海生动物种群及其生活习性、活动[[规律]]、栖息[[环境]]等的调查研究及救护工作；
*开展保护[[儒艮]]和中华白海豚等珍稀海生动物的宣传和科普[[教育]]活动 <ref>[http://www.gxzf.gov.cn/mlgx/gxjj/bbwjjq/20190114-731211.shtml 送海龟“回家”——广西合浦儒艮国家级自然保护区救护珍稀海洋动物侧记] ，广西壮族自治区人民政府，2019-01-14 </ref> ；
*防止沿岸及海上船只“三废”对保护区的污染。