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分子克隆
,→選擇含有載體序列的生物
無論使用哪種方法，將重組DNA引入所選宿主生物中通常都是低效率的過程。 也就是說，只有一小部分細胞會真正吸收DNA。 實驗[[科學家]]通過人工遺傳選擇的步驟解決了這個問題，在該步驟中，未吸收DNA的細胞被選擇性殺死，只有那些能夠主動複製含有該載體編碼的選擇標記基因的DNA的細胞才能存活。
當細菌細胞用作宿主生物時， 選擇標記通常是賦予對抗生素的抗性的基因，否則該抗生素會殺死細胞，通常是[[ 氨苄西林| 氨芐青黴素|氨苄西林]] 。 帶有質粒的細胞在暴露於抗生素後將存活，而那些未能吸收質粒序列的細胞將死亡。 當使用哺乳動物細胞（例如人或小鼠細胞）時，使用類似的策略，除了標記基因（在這種情況下通常編碼為kanMX盒的一部分）賦予對抗生素遺傳黴素的抗性 。
===篩選具有所需DNA插入片段和生物學特性的克隆===