萧甬铁路1959年建成时，全线共有22座车站，即杭州市境内的萧山、夏家桥，绍兴市境内的钱清、柯桥、绍兴、东湖、皋埠、陶堰、上虞、东关、曹娥、驿亭、五夫，宁波市境内的马渚、余姚、蜀山、丈亭、叶家、慈城、洪塘乡、庄桥、宁波。历次铁路提速，先后拆除和撤销柯桥、陶堰、东关、曹娥、驿亭、五夫、马渚、丈亭、叶家站，1960年新建余姚西站，1992年迁建萧山站（即今杭州南站），改洪塘乡站为编组站，2010年改名宁波北站，蜀山站由会让站升为货运站，迁建绍兴东站至皋埠站。至2015年，全线共有13座车站处于运营中，其中杭州南、钱清、绍兴、上虞、余姚、宁波五站有客运业务，其余各站为货运站或会让站。丈亭、百官等站由于城际铁路的需要，有重建的规划。