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1938年10月15日，王作尧任中共东莞中心县委成立的一支抗日武装—东莞县抗日模范壮丁队队长（后称第二大队）大队长 <ref>[http://www.gd.jcy.gov.cn/dwjs/zthd/djzt/gxds/201808/t20180801_2313841.shtml 【东莞党史】华南敌后抗战的骁将王作尧]，http://www.gd.jcy.gov.cn/dwjs/zthd/djzt/gxds/201808/t20180801_2313841.shtml，2018-08-01</ref> ，在东莞、保安开展抗日游击战争。1940年3月，广东国民党当局掀起反共高潮，王作尧部东移海陆丰受挫，与曾生部队回合后，按照[[中共中央]]指示返回惠东宝敌后开展抗日游击战争。1940年9月，任广东人民[[抗日游击队]]第五大队队长，创建保安阳台山抗日根据地。1942年2月，人广东人民抗日游击队总队副总队长兼参谋长，领导东（莞）、宝（安）、太（平）三角地区敌后工作委员会和部队深入东（莞）宝（安）敌后打击日寇，恢复和发展抗日根据地。

1943年12月，任广东人民抗日游击队东江纵队副司令员兼参谋长，1944年7月兼任东江抗日军政干部学校校长。1945年1月，他与纵队政治部主任扬康华率领部分主力北渡东江，为开辟[[罗浮山]]抗日根据地创造条件。1945年7月在中共广东省临委干部扩大会议（罗浮山会议）上当选为中共广东区党委委员。1945年8月，王作尧和[[林锵云]]（珠江纵队司令员）、[[杨康华]]，率领东江纵队和珠江纵队部分主力挺进粤北，迎接三五九旅南下支队，建立五岭根据地。王作尧是粤北指挥负责人之一。后因日本投降，南下支队奉命北返。王作尧率部留在粤北地区，粉碎了国民党反动派多次进攻，创建粤边游击根据地 <ref>[https://www.suinian.com/book/1490/587554.html 粤赣湘边游击根据地]，岁年网 </ref> ，完成纵队向北发展的重大任务。