1958年10月4日，根据地方军委1958年9月30日批复，以[[厦门水警区]]为基础组建了中国人民解放军海军福建基地，仍沿用厦门水警区代号，归属东海舰队建制领导。东海舰队副司令员[[彭德清]]兼任司令员兼[[政治委员]]。其地区性战斗活动归福州军区组织指挥。为便于指挥进入福建省的海军各部队，暂以东海舰队福建前线指挥所名义出现，将来过渡到基地。1958年12月18日，该基地正式对外办公。领导机关设有司令部、政治部、后勤部，后来又增设了装备技术部。1958年11月，三都澳巡防区改建成 [[ 三都澳水警区 ]] ，[[陈雪江]]任司令员，张尔庆任政治委员。后来又组建了海坛水警区和沙埕巡防区。1964年11月，海军福建基地领导机关迁至宁德三都澳。同时将三都澳水警区机构移驻 [[ 厦门 ]] ，改称厦门水警区。