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但自从宣布独立以后，索马里兰与相邻的索马里联邦的邦特兰自治政府有领土纠纷。双方都声称对原索马里的萨纳格和苏尔两州拥有管辖权。邦特兰领导人阿卜杜拉希·尤素福·艾哈迈德上校多次率部队对索马里兰东部边境进行了小规模侵扰。引起该地区局势的不稳定，联合国前秘书长科菲·安南也对此表示了忧虑。