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2015年11月2日，多家媒体公开报道称，张云已被组织处理，降为正处级干部。同日，中央巡视组在中国农业银行召开动员大会。张云并未出现在会场。2016年1月29日，中纪委证实了这一消息：“中国农业银行原党委副书记、副董事长、行长张云因严重违纪，受到留党察看二年、行政撤职处分，由中国农业银行按部门副职以下（不含部门副职）安排工作。”另据媒体报道，2012年5月，时任农行副行长杨琨因涉嫌贪腐被调查。2014年6月，杨琨一案在南京市中院开庭审理。庭审中，杨琨曾当庭举报了张云。