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海南航空股份有限公司于2001年4月3日召开2001年第三次临时[[股东大会]]，同意公司与神华集团、海航集团有限公司共同出资对新华航空实施重组 <ref>[http://news.carnoc.com/list/5/5219.html 海南航空股东大会决议同意重组新华航空]，民航资源网，2001-04-04</ref> 。海航股份以经评估的飞机等实物资产作价8.077亿元和现金1.256亿元作为对新组建新华航的出资，出资总额为9.333亿元，占新组建新华航空注册资本18.3亿元的51%；而海航集团有限公司出资1.647亿元，神华集团出资7.32亿元（其中包括价值5.82亿元的[[债权]]和原新华航空1亿元的净资产作价再加上现金出资0.5亿元[[人民币]]。）后两者分别占重组后新华航空注册资本的9%和40%。此次重组之后的新华航空全称更名为“中国新华航空有限责任公司”。重组当年新华航就扭亏为盈，注册资本由150万元增至18．3亿元，资产规模达到36亿元；资产负债率由重组前的98％下降到47％。旅客运输量达到160万人次；获得45条新增航线的经营权，同比增加104．6％。运营收入为14．9亿元，比2000年同期增长42．49％，实现利润6907万元。

2011年8月12日，海南航空宣布其拟10.8亿受让关联方拥有的的新华航空32%[[股权]] <ref>[https://finance.qq.com/a/20110812/006202.htm 海南航空拟10.8亿受让新华航空32%股权]，腾讯网，2011-08-12 </ref> ，自此全资控股新华航空。