截至2015年底，总、分馆文献资源累积量约1100余万册（件）。其中纸质藏书800余万册，以及近年来大量引进和自建的中国国内外[[数字]]资源，包括各类数据库、[[电子]]期刊、[[电子图书]]和[[多媒体]]资源约300余万册（件）。馆藏中有150万册中文古籍，其中20万件5至18世纪的珍贵书籍，是[[中华民族]]的[[文化]]瑰宝，被[[国务院]]批准为首批 [[全国重点古籍保护单位| 国家重点古籍保护单位 ]] 。外文善本、金石拓片、1949年前出版物的收藏均名列中国国内图书馆前茅，为研究家所珍视。此外，还有燕京大学学位论文、名人捐赠等特色收藏。