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大成殿的屋脊中央有一座七級寶塔，寶塔為鎮殿避邪的象徵。

兩端燕尾翹起之處又立有兩支筒狀物，筒狀物稱為通天筒。立於鰲魚之上，筒身盤龍，據說是宋朝[[朱熹]]感念孔子德配天地，道冠古今，乃於泉州孔廟屋頂立通天筒以示崇敬，此後閩南地區的孔廟皆沿襲此傳統。另有一說為秦始皇焚書坑儒，士子為保經書，乃將書籍藏於竹筒內，為紀念護書有功的竹筒，乃豎立通天筒於屋脊之上。

大成殿正中央神龕奉祀至聖先師孔子牌位，左右牆奉祀四配(復聖顏子、宗聖曾子、述聖子思子、 亞聖孟子)與十二哲（閔損、冉雍、端木賜、仲由、卜商、有若、冉耕、宰予、冉求、言偃、顓孫師、朱熹）等牌位。大成殿殿內上方置有八角藻井，共有二十四支斗栱向中央集中，斗栱上升四層後，再減為十六支斗栱收至頂心，有如輻射狀，至為壯麗。藻井四角落有四隻蝙蝠雕飾，諧音為「賜福」。