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2006年9月，任中共北京市委常委。2007年5月，任中共北京市委常委、市委组织部部长。2012年11月，当选中国共产党第十八届中央委员会候补委员。2013年4月27日，任中共北京市委副书记。2013年7月，任中共北京市委副书记，中共北京市委党校校长、北京行政学院院长。2014年，担任北京市对外友协理事会会长 <ref>[http://www.chinanews.com/sh/2014/04-23/6094582.shtml 吕锡文当选北京市友协第七届理事会会长]，中新网</ref> 。

2017年2月20日，吉林市中级人民法院以受贿罪判处吕锡文有期徒刑十三年 <ref>[http://news.eastday.com/c/20170220/u1a12733457.html 北京市委原副书记吕锡文受贿案一审宣判 判处有期徒刑13年]，东方网，2017-2-20</ref> ，并处罚金二百万元人民币；她被认定累计受贿1878万元。