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''' 中央密码工作领导小组办公室 ''' 和国家密码管理局<ref>[http://politics.people.com.cn/BIG5/n1/2019/1027/c1001-31422490.html 維護國家密碼安全 促進密碼事業發展——國家密碼管理局負責人就《中華人民共和國密碼法》答記者問]，人民网，2019-10-27</ref>一个机构两块牌子，列入 [[ 中共中央 ]] 直属机关的下属机构，负责中国共产党和 [[ 中华人民共和国 ]] 密码管理工作。同时中共中央办公厅机要局和中央密码工作领导小组办公室一个机构两块牌子。

[[ 中华人民共和国 ]] 成立时， [[ 中共中央办公厅 ]] （简称中办）设有：中央机要局、中央书记处政治秘书室、中办特别会计室、中央秘书处、中央机要处、中央警卫处、中央直属机关供给部。此后中办的机构几经变化，到1965年，中央办公厅下设警卫局、机要交通局、机要局、秘书室、国家档案局、 [[ 中央档案馆 ]] 、人事处，中央直属机关事务管理局及办公厅直属各组。“ [[ 文化大革命 ]] ”前，中办的机构设置是：机要室、秘书室、直属各组、特别 [[ 会计 ]] 室、警卫局、机要局、机要交通局、人事处、国家档案局、中直管理局、中央档案馆。1966年7月，机要室、秘书室和直属各组（即“后楼”）被撤销，成立秘书局。1969年5月以后，秘书局、警卫局、机要局、机要交通局分别改成秘书处、警卫处、机要处、机要交通处。

1976年10月时，办公厅下设12个处室（部、馆、校）。1988年，中办机构改革，调整后设调研室、秘书局、警卫局、机要局、机要 [[ 交通 ]] 局、中直管理局、中央档案馆、 [[ 毛主席纪念堂管理局 ]] 、特别会计室、老干部局、人事局、机关党委办公室12个局级机构。1993年12月，中办机构改革，调整后设一个副部级机构（中央档案馆暨国家档案局），10个职能局：调研室、秘书局（其中法规室是副局级机构，设在秘书局）、警卫局、机要局、机要交通局、中直管理局、特别会计室、老干部局、人事局和机关党委。

1993年3月5日至7日，中共十四届二中全会在 [[ 北京 ]] 举行，通过了《关于党政机构改革的方案》。同年7月2日，中央发出《关于印发〈关于党政机构改革的方案〉和〈关于党政机构改革方案的实施意见〉的通知》。《方案》指出，中央现有议事性委员会或领导小组12个：中央财经领导小组、中央对台工作领导小组、 [[ 中央机构编制委员会 ]] 、中央外事工作领导小组、中央农村工作领导小组、中央党的建设工作领导小组、中央宣传思想工作领导小组、中央党史领导小组、中央 [[ 社会治安综合治理 ]] 委员会、中央保密委员会、中央密码工作领导小组、中央保健委员会。可见中央密码工作领导小组在1993年以前已成立。

早在1998年以前，国家密码管理委员会及其办事机构国家密码管理委员会办公室便已成立。1999年10月7日， [[ 中华人民共和国国务院令 ]] 第273号发布《商用密码管理条例》，自发布之日起施行。该条例第四条规定：“国家密码管理委员会及其办公室（以下简称国家密码管理机构）主管全国的 [[ 商用密码 ]] 管理工作。”“省、自治区、直辖市负责密码管理的机构根据国家密码管理机构的委托，承担商用密码的有关管理工作。”

2005年3月25日，《国家密码管理局公告（第1号）》称“经中央机构编制委员会批准，原国家密码管理委员会办公室更名为国家密码管理局，履行对全国的密码管理职能。”“《 [[ 商用密码管理条例 ]] 》和相关法规赋予原国家密码管理委员会办公室的各项管理职能，由国家密码管理局行使。”“自2005年3月25日起，启用‘国家密码管理局’印章。此前由原国家密码管理委员会办公室印发的文件和各种证书，除已明确废止或已过有效期的外，其余继续有效。”

密码科学技术国家重点实验室由国家密码管理局主管，于2014年11月由 [[ 中华人民共和国科 学 技 术 部 |中华人民共和国科技部]] 批准建设。

国家密码管理局门户网站于2017年6月1日正式开通<ref>[http://www.gov.cn/xinwen/2017-06/01/content_5198760.htm 国家密码管理局门户网站正式上线]，中国政府网</ref>，是由国家商用密码管理办公室网站升级改版建成，是国家密码管理局对外发布 [[ 政务信息 ]] 和提供在线服务的综合平台。

在省、 [[ 市 ]] 、 [[ 县 ]] 三级，党委密码工作领导小组办公室、人民政府密码管理委员会办公室、党委机要局、人民政府的密码管理局，四块牌子一套机构，列入党委机构序列。