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博物館位於[[臺南市[]][[安南區]]和順寮農場，計行政典藏大樓、展示教育大樓各一座，紅磚搭配清水模的特殊建築，展現台灣傳統意象。其中行政典藏大樓於2007年完工啟用，全館於2011年10月29日開館，並列為中華民國建國百年系列活動之一。