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南开大学医学学科肇始于1930年理学院设立的医学预科班。南开大学医学院于1988年开始筹建、1989年开始招生、1993年经原国家教委批准正式成立，现位于南开大学历史最悠久的建筑——思源堂。学院旨在培养医德高尚，人文和自然科学基础知识宽厚、医学基础理论扎实、专业实践技能熟练，具有终生自我充实能力的高级医学专门人才 <ref>[http://gaokao.eol.cn/daxue/mingdan/201705/t20170505_1513246_1.shtml 盘点藏在985高校中的医学院（一）]，中国教育在线，2017-05-05</ref> 。

学院采用联合办学体制共享医学教育资源。先后与中国人民解放军总医院、第254医院、中国医学科学院血液学研究所、天津市第一中心医院、天津市第三中心医院、天津市肿瘤医院、天津市儿童医院、天津市口腔医院、天津市人民医院、天津市眼科医院等合作办学。学院现有七年制临床医学（本硕连读）和口腔医学两个本科专业。具有临床医学博士学位授权一级学科和基础医学、临床医学 <ref>[http://news.nankai.edu.cn/ywsd/system/2020/04/02/030038517.shtml 南开大学获批首个博士专业学位授权点——临床医学]，南开大学新闻网，2020-4-2</ref> 、生物医学工程3个硕士学位授权一级学科；还拥有口腔临床医学专业授权点。在上述学科领域广泛与校内外联合办学单位携手共同培养基础医学、临床医学、生物医学工程、口腔医学所属二、三级学科的博士和硕士研究生。