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 嘉慶初年烏水氾濫，敬遷蔴園寮，經水師提督王得祿捐奉倡建，紳商居民鳩資合建，於嘉慶16年（1811年）奉洲到笨港===開臺媽祖===新港奉天宮媽祖於明朝天啟2年（1622年），先民為求平安橫渡險惡「黑水溝」 （ [[ 台灣海峽 ） ]] ，至 [[ 湄洲 ]] 祖廟恭請聖尊奉祀船隻上，船隻途經笨港，神示永駐此地。顏思齊率先民來台墾拓笨港，十寨居民輪流奉祀聖像。神尊原為「湄洲伍媽」；因隨船渡海來台稱「船仔媽」；護佑先賢開墾笨港，故又稱之為 「 [[ 開臺媽祖 」。 ]]<ref>[http://www.taiwanhot.net/?p=708229 源自笨 新 港康熙39年（1700年），笨港居民鳩資合建 奉 天 妃廟，後因天妃晉封而改稱為天后 宮 開台媽祖馨護台灣] ， 乾隆年間，數次修建。嘉慶初年，颶風襲 台 、烏水氾濫沖毀笨港街天后宮。景端碑文記「…溯自我天后聖母，在笨之宮，因烏水氾濫橫遭沖毀，我笨亦幾至蕩然無存，毀於一旦，何其虐乎。斯時也，拙義無反顧，毅然與我笨眾，敬遷我神諸聖像於東之蔴園寮肇慶堂。」 灣好新聞，2019-05-14</ref> 奉天宮建廟笨南港居民東遷後，將諸神像、文物暫置肇慶堂土地公廟。嘉慶16年（1811年），奉天宮建廟落成，遂將諸神聖像、文物遷入。傳聞廟地原為好風水之「白鶴穴」，何姓人家捐地，附近居民合力挑土填平。景端碑文記「太子少保子爵軍門王，捐奉倡建於前，諸紳商鼎力虔誠捐獻於后。不數載，竟再建聖母之宮於此地，其規模之宏、奐輪之美，有過原廟而無不及 。 軍門王，廟成之日，必奏請聖天子御賜宮號「奉天宮」。  === 日治時期=== [[ 新港 在日 ]] 兩場大地震， [[ 明 治37 治]]37 年（1904年） [[ 斗六大地震 ]] ， [[ 嘉義 ]] 、 [[ 雲林 ]] 地區發生芮氏地震規模6.1級的災害性地震。明治39年（1906年）農曆二月二十三日 [[ 梅山大地震 ]] ，發生芮氏地震規模7.1級的強烈地震，奉天宮受創嚴重，只剩神房與觀音殿，當時流傳的一段口謠反應當時的新港： 「二月廿三大地震，攏總壓死數百人，街民相招要散港，宮尾大人擋不通。」（台語發音）受創嚴重的新港街在 [[ 林維朝 ]] 帶領和鄉親極力的協助之下，重建家園，並且引進日據時期的扇板屋，來預防強震再次肆虐新港，新港奉天宮 更在此時 向全省募款， 重新修建，經過十餘年的時間修建完成。在 於 明治40年（1907年）， 開始 重修宮宇，前後歷時十年，大正6年（1917年），奉天宮重修完成，雕龍畫棟，錯采鏤金。<ref>[https://www.peoplenews.tw/news/60d13dc5-3cda-458c-b5cc-a604a93d0215 【那一年的這一天】1906.3.17 梅山大地震，1258人罹難]，民報，2017-03-17</ref>

創建於清嘉慶 16年（1811年），經多次的興修過程，發展成今日之建築格局。建築為傳統閩南建築形式，特徵是強調屋脊、屋面的曲線及大木結構。屋面的曲線部分，因脊頭皆有明顯「起翹」，不僅強調屋脊的曲線也呈現屋坡面「搵水」曲線的美感。正立面面寬為七開間，即三川、五門、耳房，全幅長達26.35公尺；深為四進或稱四落，即三川、正殿、後殿、凌霄寶殿，總進深達43公尺進，正殿前有拜亭，亭前留置丹墀，後殿帶左右配殿耳房，前後耳房間隔以東西廂房銜接 ， 。 

奉天宮於民國74年，內政部以（七十四台內民字第三三八0九五號）公告核列為第 [[ 三級古蹟 ]] 。民國88年(1999年)發 生921 生[[921 集集大地震 ]] 及1022 [[ 嘉義大地震 ]] ，奉天宮主體受損，董事會全力投入古蹟修復工程，用心遴選匠師，以品質為最高要求，屋面剪粘以各殿分三場，要求剪粘師父現場「一片一刀」、彩繪畫師「一筆一劃」全部純手工施作，展現深厚功夫，匠師拼場競藝，各展長才與特色。

新港奉天宮是由 [[ 清朝 ]] 名將王得祿倡建，自1811年興建至今已有208年歷史，其建築與其它廟宇不大相同，「形制」和「基地」寬大，建築本身極富藝術價值。奉天宮除了供奉開臺媽祖的歷史地位，另在其右側有供奉虎爺，有別其它宮廟供奉的虎爺都安奉在桌子底下，該尊虎爺被供奉在神桌上 <ref>[https://www.setn.com/News.aspx?NewsID=651476 笨港媽祖，麻園寮老虎　新港虎爺傳奇]，三立新聞網，2019-12-29</ref> ，目前世界唯一，全台唯一頭戴御賜金花的虎爺將軍，因此民間俗稱該尊虎爺為「狀元虎」，而虎爺前面擺放瓷器水盆，信眾可以在此「換錢水，讓財源滾滾來」，向虎爺、金虎爺將軍祈求賜予 [[ 聖筊 ]] 即可借取發財金。

每四年四庄請三地媽祖,現今嘉義縣 [[ 新港鄉 ]] 的 [[ 南崙村 ]] 與 [[ 北崙村 ]] 、 [[ 溪口鄉 ]] 的田心仔、 [[ 雲林 ]] 縣 [[ 元長鄉 ]] 的崙仔村，四莊每四年會迎 [[ 新港奉天宮 ]] 、 [[ 北港朝天宮 ]] 、 [[ 溪北六興宮 ]] 三地的媽祖回村莊作客，並以笅杯的方式，媽祖奉祀在哪一個村落，成為四莊迎三地媽祖的特色畫面。