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在来源上可分为自然生物反应器(如人的[[胃]])及工程生物反应器(如发酵罐、固定化酶或固定化细胞反应器等，这些生物反应器通常呈圆筒状，其体积从几升到几立方米不等，常由不锈钢制成)两种。
依原料加入的方式可分为批次式反应器(Batch reactor)、馈料批次式反应系统(fed batch)以及连续流[[反应器]](Continuous reactor)(如连续搅拌釜式反应器、恒化器)三种 <ref>[https://t.cj.sina.com.cn/articles/view/6628646999/18b19205700100f5vl 简单了解生物反应器]，新浪，2019-1-30</ref> 。
生物反应器与化学反应器不尽相同，化学反应器从原料进入到产物的生成过程中常需要加压和加热，属于一个高耗能的装置。而生物反应器则不同，在酶和微生物的参与及常温常压下就可以进行[[化学]]合成。因此，生物反应器问世之后受到化工部门的重视。化学工程专家认为，应该尽可能地让化学合成的过程改由生物去完成，因此设计理想的生物反应器，就成了[[现代生物技术]][[产业]]的一个重要任务。
==生物反应器的设计==
生物反应器的设计是一个复杂的生化研究工程科学任务。设计的目标是制造最佳的环境，使微生物或[[细胞]]能表现其功能，并产生杂质含量符合标准以内的产物 <ref>[https://www.docin.com/p-1945889166.html 多功能生物反应器的设计及制造]，豆丁网，2017-06-09</ref> 。生物反应器内的[[温度]]、养分浓度、pH值和[[气体]]溶解度(尤其是关于[[氧气]]的有氧发酵)等变因皆会影响生物体的生长和[[生产力]]。
温度：发酵培养基的温度可借由单独使用冷却夹套、线圈或同时使用两者来保持；在放热发酵反应进行时，需额外使用外部热交换器。在馈料批次式反应系统(fed-batch system)中，微生物生长所需的营养[[物质]]可在培养过程中连续的加到发酵罐(fermenter)中，或在发酵初始时加入反应器中。