PH值：利用少量的酸或碱测量和调整培养基的pH值，不同生化反应所需的PH值皆有所不同。
[[ 气体 ]] 溶解度：反应气体（尤其是氧气）对于有氧（和少部分厌氧）发酵而言为必须反应物，但由于[[氧]]对于[[水]]（几乎是所有发酵培养基的基础）溶解度较低，故其含量对于[[空气]]来说是相对稀少的（20.95％），因此必须连续地添加空气（或纯氧）至反应系统中。在溶液中的上升气泡可充分混合发酵培养基，也可同时“摆脱”溶液中的废气，如[[二氧化碳]]。一般来说，生物反应器都会加压，以增加水中的溶氧量。氧气的运输通常是经由搅动来完成，也同时保持营养物质的均匀分布，帮助匀相发酵反应进行；气体分散搅拌器(Gas dispersing agitators)就是用来打破的气泡使其均匀分布于整个[[容器]]中的工具。
垢会损害生物反应器的整体效率，尤其是系统中热量的交换。因此为了避免垢的产生，生物反应器的设计必须易于清理，内表面通常由[[不锈钢]]制成，以便清洗和消毒；典型生物反应器则会在批次间清洗，或以特殊[[设计]]减少连续操作中结垢的可能性。