大肚溪的水質目前受發電廠污水、工業區開發及廢水、家庭廢水及農業用藥嚴重污染。此外非法魚塭超抽地下水與附近採砂場的採砂活動，容易造成當地地層下陷；快速道路的開發，則影響生物的遷移及繁殖。而規劃中的垃圾填海計畫及風力發電，皆可能是會影響當地生態環境的威脅與壓力。另外外來種植物互花米草入侵，也對原生植物造成一定程度威脅。此外來自保護區範圍外的威脅與壓力，例如攔河堰等建設，更是應值得給與關注。
<ref>原文網址：https://conservation.forest.gov.tw/0000137</ref>