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2018年1月24日，[[中国民用航空局]]以民航综机函〔2018〕5号复函，同意菏泽机场命名为“菏泽牡丹机场” <ref>[https://www.sohu.com/a/220543627_673626 民航局批复：菏泽机场正式命名为“牡丹机场”，计划2019年建成投用]，搜狐，2018-02-02</ref> 。该复函认为，菏泽牡丹机场的命名符合《地名管理条例》以及《民用机场使用许可规定》。该名称已在中国民用航空局备案，今后的文件、图纸、资料及其他出版物等均应以该名为准，机场建成通航之前，以菏泽牡丹机场申请机场使用许可证。菏泽牡丹机场建设投资有限公司将据此[[设计]]场徽、场标、形象设计。

但是，2018年2月5日，[[中华人民共和国环境保护部]]退回了山东菏泽民用机场建设项目环境影响报告书，理由是在技术评估中发现该项目尚未获得环评批复已擅自开工建设，该项目[[环境]]违法行为未经查处，且工程建设方菏泽牡丹机场建设投资有限公司未在申请文件和环境影响报告书中如实陈述。环境保护部要求该公司深刻反省，在建设项目环境影响报告书依法获得批准前不得开工建设。同时，环境保护部还委托山东省环境保护厅、环境保护部华东督察局对此事监督检查。2018年5月22日，[[国家生态环境部]]发布《关于山东菏泽民用机场建设项目环境影响报告书的批复》（环审﹝2018﹞21号），正式批复菏泽机场环评 <ref>[http://hzsgzw.heze.gov.cn/art/2018/5/31/art_61344_3909772.html 菏泽牡丹机场环评获生态环境部批复]，菏泽市人民政府国有资产监督管理委员会，2018-05-31</ref> 。