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膿瘍源自病原菌的感染，在病灶處常有許多不同種的細菌同時感染。在美國與世界許多地區裡，在膿瘍中最常見的菌種是抗藥性金黃色葡萄球菌，在開發中國家偶爾也可見到由寄生蟲引起的膿瘍。通常診斷要從外型以及切開後觀察確定，超音波在無法確定診斷時或許有幫助，而更為深處的膿瘍則可能需要以磁共振成像或電腦斷層才能發現（比如說肛門膿瘍、道格拉斯膿腫等）。