属[[地中海气候]]。平均表层水温2月为13~15℃，8月为25~26℃。盐度37‰~38.5‰。海水清澈，透明度30~40米。半日潮（潮高近0.4米），水位涨落差1.2米。意大利科学家对伊奥尼亚海海底进行探测后，绘制出了一幅海底地形图，并发现海底存在一些[[活火山]]。 这一海域的海底在不断膨胀。大约 1000万年前，伊奥尼亚海的海底还是一块比较厚的大陆板块。此后，由于[[欧洲大陆]]板块和[[非洲大陆]]板块之间的一些小板块的影响，伊奥尼亚海海底板块开始膨胀，厚度变薄，出现了一 些断裂带，岩浆由裂口溢出，形成海底火山。这次绘制的海底地形图显示，伊奥尼亚海中部有一个大峡谷，峡谷的[[地壳]]很薄，存在活火山。