1928年出生於東京，畢業於東京工業大學工學部建築學科，老師是著名建築師清家清，畢業後林昌二在1953年進入日建設計，日建設計是1900年創業、日本最大的設計公司，曾經參與 [[ 東京鐵塔 ]] 、東京巨蛋、聖路加國際醫院、NEC總公司大樓，以及泉花園的興建工作，林昌二進入公司後，也參與過幾件辦公大樓設計，後為該公司副會長、都市建築研究所所長，退休後為公司的名譽顧問<ref>[https://www.tobunken.go.jp/materials/bukko/204372.html 林昌二]，東京文化財研究所。</ref>。

1971年以五反田大樓獲得日本建築學會賞作品賞。是 [[ 美國 ]] 建築家協會名譽會員、日本建築學會名譽會員<ref>『日本美術年鑑』平成24年版，頁439-440。</ref> 。發表過許多論著，包括《我的住宅論》（『私の住居・論』）、《建築家林昌二毒本》。2011年因心臟衰竭逝世於東京。