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=== 第一部 ===
==== 波之国篇 ====
成为[[火之国#第七班|第七班]]成员之后，佐助对队员并不关心。他既不搭理鸣人的挑衅，对小樱的善意举动也很冷淡。当第七班开始卡卡西的铃铛测试时，他从一开始就决定独自对付卡卡西，根本没打算要两个队友帮忙。在卡卡西毫不客气地向他指出这一点后，佐助见识到要成为一个忍者，就必须和队友合作。于是他宁愿不服从卡卡西的禁令，把自己的便当分给被处罚被绑在木桩上看别人吃午餐的鸣人吃，也因此成就了第一批通过卡卡西测试的下忍。
在中忍考试的第二部分开始后不久，佐助和小樱在[[火之国#死亡森林|死亡森林]]遭到了[[大蛇丸]]的攻击。在大蛇丸的「死亡预览术」之下，佐助内心非常恐惧，浑身发抖以致于没有还手之力。就在佐助为了保住性命，要将捲轴交给大蛇丸的时候，鸣人适时地出现并阻止了佐助。在鸣人和大蛇丸战斗时，佐助惊奇地发现鸣人居然身手敏捷，完全不是吊车尾的形象。虽然鸣人无法打败大蛇丸，但这一举动激发了佐助的斗志。他用绑著线的风魔手里剑将大蛇丸制住，并用火遁忍术延线烧毁了大蛇丸的脸。就在佐助以为已经战胜大蛇丸的时候，出于对佐助能力的满意，大蛇丸给佐助种下了天之咒印。佐助痛苦的倒下了，而大蛇丸离开前告诉佐助，佐助迟早会来找他获取力量。
因为中了咒印的缘故，佐助和鸣人一样失去了知觉，而小樱在一旁照料。就在这时，一群音忍奉大蛇丸之命来干掉佐助。小樱和先后赶来的[[李洛克]]和第十班苦苦和三名音忍周旋，但战况不利小樱还受了重伤。 [[日向宁次|宁次]]带领的第三班其他成员赶到，正当他们准备和音忍作战时，佐助的身体适应了咒印并甦醒过来。愤怒的佐助浑身佈满咒印黑色的花纹，向以满不在乎的口气承认攻击小樱的萨克发难。由于咒印的力量，佐助佔据了绝对优势。他用非常暴力的手法扭断了萨克的手臂，并且准备继续向其他两名音忍复仇。小樱察觉到咒印状态的佐助失去了控制，一把抱住佐助求他停手。小樱的举动让佐助恢复了正常。在一旁惊恐万状的音忍们留下捲轴，赶紧逃离了现场。
在考试的初试选拔中，佐助的对手是音忍的赤胴铠。在比赛前，卡卡西警告佐助不要使用写轮眼及忍术，否则可能会引发咒印（因为查克拉流动会令咒印产生反应）直接被淘汰。战斗开始后，铠使用他的吸收查克拉的忍术大量地吸取佐助的查克拉，佔了很大优势。在不能使用写轮眼及忍术的情况下，佐助将他从小李那裡複製来的体术稍加变化成为「狮子连弹」，一招击败了对手。比赛过后，卡卡西封印了佐助身上的咒印以阻止它的发作。大蛇丸突然出现，告诉卡卡西和佐助，如果佐助自己愿意，咒印是无法被封印的。大蛇丸在和卡卡西对峙了一阵后离开了。为了防止佐助经受不起力量的诱惑而使用咒印，卡卡西在接下来的一个月时间裡单独陪佐助训练。
==== 佐助夺还篇 ====
在佐助离开村子之前，被小樱追上。小樱极力劝说佐助留下，并表白了对佐助的爱意，希望能帮佐助变强。佐助听完了小樱的告白，说句「谢谢」后击昏小樱，离开了村子。在路上，佐助再次碰到了音忍四人众。这一次音忍给了佐助提升咒印状态的药丸，然后将吃下药丸昏死的佐助封印到特製的棺桶中一起离开了。
=== 第二部===
==== 佐助再会篇 ====
佐助在和[[佐井|祭]]见面时初次登场。他对祭的出现无动于衷，还对[[大蛇丸]]的迟到表示不满。当祭表示他会比佐助更加地和[[鸣人]]合作时，佐助用[[写轮眼]]震慑了祭。此后祭试图帮助鸣人和[[小樱]]，将佐助带回木叶忍者村。佐助对众人的劝说毫不理会，表示只要能杀死鼬就算让大蛇丸夺走身体也在所不惜，然后就开始攻击新成立的第七班。
佐助再次出现是在一大群被他打倒的忍者之中，他身上乾乾淨淨就连血渍都没有沾到。大蛇丸说即使是号称天才的他在当年也没有如此实力。由于佐助觉得自己已经没有什麽可以从[[大蛇丸]]那裡学到的了，就在大蛇丸躺在床上养病的时候突然倒戈，用查克拉刀攻击大蛇丸。而得知其意图的大蛇丸则现出真身「白鳞大蛇」要夺取佐助的身体。两人在精神空间裡进行决斗。在佐助的写轮眼前，[[大蛇丸]]遭到了和当年对战[[宇智波鼬]]时相同的惨败，而他的精神世界完全被佐助吞併了。
在摆脱大蛇丸的控制以后，佐助释放了被大蛇丸关押的[[火影忍者角色列表#鹰（蛇）|鬼灯水月]]。他同水月言明要组织一个新的小队，并说早有了人选。两人来到南秘所，「说服」了有特殊能力的管理员[[火影忍者角色列表#鹰（蛇）|香燐]]入伙，然后释放了所有的囚犯。佐助最后的一个队友是[[火影忍者角色列表#鹰（蛇）|重吾]]，此人是咒印的源头，双重性格、有抑制不住的杀人衝动。佐助、水月和香燐来到关押重吾的北秘所，并找到了他。正处于杀人衝动中的重吾与技痒已久的水月打起来，但两人很快就被佐助用大蛇制服并以强烈杀气镇住场面。重吾在佐助的高压下恢复了正常，重新躲进牢房害怕自己再次出去杀人。佐助对此表示会当重吾的牢笼，阻止他的杀人衝动。接著佐助又言明[[君麻吕]]已为他而死，此时重吾终于了解眼前这人，就是君麻吕不惜生命都要将他带回大蛇丸身边的宇智波佐助。 为了要见识一下佐助到底有甚麽能耐可以令到君麻吕不惜牺牲来换取他，重吾决定加入他们。佐助的四人小队正式组成，取名为「蛇」，佐助的最大目的是要杀死鼬，而这世界都将因“蛇”的出现而产生变动。佐助跟[[晓]]的[[鸢 (火影忍者)|鸢]]、[[地达罗]]开战。地达罗虽然使出多种自傲的艺术，但却因为佐助的雷遁剋制他的土遁炸弹，及不敌写轮眼而败阵下来，最后地达罗为了证明自己的艺术自爆，可惜佐助熟练地运用了写轮眼，进入万蛇体内用时空间忍术跃入其他空间，成功离开爆炸之地，得以保命，而地达罗则在爆炸中死亡。
另一方面，木叶村收到情报，得知大蛇丸被佐助所杀，便开始进行寻找佐助的任务，而“蛇”的成员[[香燐]]发现木叶的人在追踪佐助，蛇便到晓的根据地，而佐助更遇到鼬，鼬便指示佐助往宇智波一族的故地，来个了断。途中佐助先到故地南贺的神社大堂，并在那裡的秘密集会场所，发现鼬所指的宇智波瞳术「万花筒写轮眼」的存在目的－为了能够控制九尾的力量。亦得悉万花筒写轮眼的使用，最终是会招来失明的命运。
佐助醒时发现自己身处异地，而宇智波带土亦在其面前出现，有关于宇智波鼬的真相亦将被揭开。当佐助看见带土的真面目时，左眼自动啓动万花筒写轮眼，使出了「天照」；据带土所说，鼬在临死前把自己少许的瞳力注入了佐助体内，目的是保护佐助，不让带土（鼬以为他是斑）接近他。又从带土的口中听到鼬杀害全族，是因为木叶高层所下达的命令而感诧异。佐助终于明白鼬一直以来的行动，除了为了木叶，也是为了保护自己（如：消除了身上的天之咒印、给予其万花筒写轮眼的力量等），不禁流下男儿泪。 然而，他却选择走上与兄长完全相反的道路。他目前与蛇小队众人会合，改队名为「鹰」，并确定了新的目标为「毁灭木叶」，以他的方式复兴宇智波家族。他将与带土所率的「晓」联手，除目标是针对木叶的上层外，亦协助捕捉另一头尾兽。目前身处在雷之国，使幻术迫使来自夜月一族的云忍供出八尾人柱力的位置，并前往云雷峡，向八尾直接道出要把他抓走。
佐助与八尾人柱力杀人蜂交锋，面对精通刀法、雷遁，而且还拥有尾兽力量的杀人蜂。佐助连续两次被其击倒，甚至连内脏及胸口都被杀人蜂的「雷黎热刀」活生生地挖出来，一度濒死。但鹰小队的香燐和重吾却把他救活，因而惹恼了人柱力，并现出巨牛真身，水月为了保护虚耗过度的他们离开，自愿殿后阻挡八尾，可是不消一刻便被其击昏……佐助眼见身边的队友们不惜生命为了自己，又突然想起了在木叶时跟鸣人、小樱一起，内心再度感到犹豫和孤单，开啓了左眼的万花筒写轮眼，使出了鼬传承的忍术「天照」，来个绝地反击，熊熊的黑色火焰在八尾身上燃点，将八尾逐步吞噬；而八尾在挣扎间，竟将一团火焰拨向香燐，香燐顿时昏倒在水中，身上的火焰也同样燃烧，重吾劝佐助离开，但燃起保护同伴之心的佐助却不愿离去，情急之下竟连右眼的万花筒写轮眼也啓动了。 奇蹟的是，原来佐助双眼同开，竟有解除天照的功效，不单把香燐身上的火给熄灭，同时也熄灭已昏去的八尾身上的火焰。而佐助们亦完成捕捉八尾的任务（实际上抓到的只是八尾脱下的章鱼脚，人柱力早已脱险了），却惊动了八尾的兄长雷影[[火影忍者角色列表#雷之国 云忍者村|艾]]，开啓了有关讨伐晓的五影会谈。佐助原往木叶赶去，但现在从带土口中得知曾诬衊自己哥哥的段藏已当上了火影，及出席五影会谈，便率鹰小队往五影会谈出发。
==== 五影篇 ====
宇智波带土离开五影大会现场后碰上了段藏，在杀死段藏两个手下后。段藏已解开手臂上的封印，露出多隻写轮眼，带土将佐助和香燐从神威空间放到现场。于是佐助和段藏一触即发展开战斗。佐助的天照和须佐能乎虽然多次命中貌似已将段藏杀死，但段藏却一再而三的不断出现，之后佐助对段藏师以幻术，可惜被段藏识穿。利用被幻术稍微牵制段藏的时机，佐助以草薙剑从后袭击段藏，却中了段藏的咒印术而动弹不得。就在佐助面临被段藏反过来砍杀的危机时，佐助开始回忆起斑与他所说关于鼬的事，佐助的须佐能乎开始产生变化，从骷髅状变成一手持弓一手拿著箭的第二型态的须佐能乎，顺势破解了段藏的咒印术。接著须佐能乎往段藏射出一箭，但是被段藏用木遁术防御使其偏离轨道没射中，此时香燐察觉现在段藏就是本体，佐助再对段藏射出一箭，虽然这一箭贯穿了段藏，可惜段藏已经成功发动术逃过一劫，带土说道段藏所施展的术就是宇智波一族中的禁术「伊邪那歧」。伊邪那歧是一种只须极为短暂的时间就能将施术者包含伤害以及死亡在内的不利因素转化为梦境，且还能将施术者的攻击等有利因素转化成现实，即是能自由控制「幻象」与「现实」的界线对自己施放的究极幻术。
随著战斗时间拖长，佐助和香燐慢慢的看透伊邪那歧的把柄，佐助掌握住伊邪那歧解开的瞬间，与段藏互刺，段藏以为他还有一颗写轮眼可以持续发动伊邪那歧，却没想到是佐助以万花筒写轮眼给他施了幻术。段藏很惊讶，因为伊邪那歧其实已经过有效时间而解除了，因此刚才段藏被佐助刺中的攻击使他身受重伤，也展现了佐助身为宇智波一族又拥有万花筒写轮眼的瞳力是段藏所远远不及的。佐助接著藉由香燐的能力恢复体力，而段藏因为右手开始反噬（与柱间的细胞有关係），自断右手之后他把他脸上的绷带拿下，露出止水的写轮眼，并马上劫持香燐。佐助叫香燐不要动，结果佐助却是用千鸟锐枪连香燐一起往心脏刺上去了，佐助笑著说道：「哥哥，先搞定一个了……。」 段藏临死前企图用「里四象封印术」封印佐助，但带土看破其封印术，叫佐助赶紧跳开躲过一劫。随后小樱追上佐助，表示要脱离木叶，跟随佐助（实际上是刺杀佐助），佐助为了确认她的真心，叫她给香燐最后一击，没想到佐助也想杀害小樱，被卡卡西及时阻止，而卡卡西与佐助却开始了师徒间的战斗。小樱想趁因眼睛的副作用视线模糊的佐助杀掉，却因对佐助感情下不了手，在佐助准备反过来刺杀小樱时——鸣人突然出现解救小樱。跟鸣人一番对话后，佐助与鸣人各自千鸟和螺旋丸确认双方的真正想法。
之后带土抵达现场将佐助带走，后来佐助接受了移植手术，将鼬的双眼移植到自己的身上。
==== 忍界大战篇 ====
面具男[[鸢 (火影忍者)|鸢]]的计画下，为了防范[[药师兜]]趁著战乱将佐助带走，特地派遣黑白绝保护佐助，而黑绝前去追查大名的行迹。佐助在得到永恆万花筒写轮眼后，遂用须佐能乎打败白绝奔赴战场。他用须佐能乎击败一群白绝分身，并抓住一隻白绝以写轮眼的幻术得知战况。后来于前往战场的路上与秽土转生的鼬相遇，共同协力对付拥有仙人之力的兜。最后当兜在「伊邪那美」的控制下解除秽土转生时，佐助表示自己仍然要毁灭木叶，对此鼬将自己所知的事实呈现后消失，令佐助再度陷入迷惘，随后与水月、重吾重新会合，在看过关键卷轴后以解邪法印让大蛇丸透过御洗手·红豆的咒印复活，目的是要见到知晓一切的人 。在大蛇丸解除尸鬼封尽及施展秽土转生后终于见到知晓一切的人们－死去的历代火影。在听了历代火影解释事情的始末后，决定不能让鼬和村子化为乌有，接著随历代火影、大蛇丸及鹰小队前往战场 。
在大蛇丸解除尸鬼封尽及施展秽土转生后终于见到知晓一切的人们－死去的历代火影。在听了历代火影解释事情的始末后，决定不能让鼬和村子化为乌有，接著随历代火影、大蛇丸及鹰小队前往战场。 到达战场之后，佐助向在场的各位木之叶忍者宣佈自己希望担任火影，继承哥哥的火之意志，改变前代的火影们造成的局面，令众人感到惊讶。期后佐助会合鸣人和小樱，第七班正式复活。与鸣人及忍者联军共同与十尾人柱力宇智波带土对抗并战胜其，战胜带土后并与鸣人前往支援千手柱间对抗宇智波斑，斑命令黑绝控制带土用轮迴天生将自己复活之后，其后将尾兽抽出，而当二代火影扉间正偷袭斑时，已经无法战斗的柱间则告知佐助如何呼应斑体内的柱间的仙术查克拉并束缚斑的方法，而佐助感到疑惑为何初代火影要告诉他，柱间则说因为佐助与斑的弟弟泉奈很像，也许斑会心软。 而当扉间已被打得动弹不得时，从后方突袭的佐助被斑用刀贯穿了胸口。佐助在将近濒死的状态下失去意识，在五影那边战场的香燐亦感知到佐助的查克拉越来越弱，濒临死亡，于是与大蛇丸等人突破漩涡状的柱间人造人的攻击前去营救佐助，在前往的途中香燐感知到了令人不快的查克拉正在接近佐助。最后发现是兜因认同自我后从伊邪那美的幻术中解脱，想保护好佐助并协助他们，并以自己的医疗忍术与柱间的细胞，保住了佐助的性命。
佐助在精神世界中与鸣人的灵体分别在不同次元的冥道和「忍宗始祖」、「六道仙人」'''大筒木羽衣'''相见。羽衣告诉佐助忍宗的起源和其两名儿子的故事，并告诉佐助他就是羽衣的长子'''因陀罗'''的转生者，且继承其意志之人。在羽衣赐予佐助新的力量并让他重返战场后，佐助开启了左眼轮迴眼，亦以崭新且迅速的能力开始与鸣人携手和斑战斗。同时左手亦出现月牙的标志，代表著六道「阴之力」。
在斑发动无限月读后，佐助使用须佐能乎与第七班逃过无限月读。期后和鸣人说他俩是人类最后的希望，而小樱和卡卡西在鸣人身旁才顺路救的，藉此希望鸣人别感情用事。但鸣人却指出佐助心中仍有捨己救同伴的心。而后在与大筒木辉夜的战斗中，被辉夜强行拉至另一空间（沙漠），一度陷入无法离开的困境。之后带土使用万花筒瞳术「神威」，小樱使用「百豪之术」
（辅助带土）欲将之救回，并成功将佐助救出。 后与第七班一同封印辉夜后，扬言要将现任五影处以极刑并做出行动把一尾到九尾封印至地爆天星内，但鸣人仍决定出面制止佐助，两人遂于当年离别的终结之谷再次展开激烈对决，最终，鸣人和佐助均于该场决战中各失去一隻手臂（鸣人失去前端右臂，佐助则失去前端左臂），身受重伤而不支倒地，直至翌日黎明始再次甦醒。 面对如此坚持制止他的鸣人，佐助表示自己对于鸣人的作法感到疑惑不解，自己也想了结自己来赎罪，后提及若要解除无限月读，就将自己的左眼移植给卡卡西，鸣人则告诉佐助自己早已将他视为朋友，所以无论如何都会分担他的痛苦，阻止他身陷泥沼。佐助继而回忆起邂逅鸣人迄今的种种经历，更因此从鸣人的身上看见已故兄长鼬的影子，笑著承认鸣人才是该场对决裡真正的赢家 。 之后，小樱抵达终结之谷，为重伤倒地的两者疗伤，佐助首次坦然接受内心感情，为先前所铸下的错误向小樱致歉，并且在返回村裡休养至康复后，告知卡卡西和小樱他即将再度启程，远行他方的计画。佐助以「这是自己铸下的错误，跟小樱无关」为由，婉拒小樱希望与之随行的请求，但还是在临行前轻点小樱的额头，与三年前离别时呼应，再次说道「谢谢」，并在这次答应他会再度归来 。
==== 结局篇 ====
==== 宇智波纱罗妲篇 ====
{{main|火影忍者外传～第七代火影与绯色的花月~}}
在佐助执行任务的过程中，突然遭遇拥有写轮眼的少年袭击，最终佐助虽然击败了那位少年，可在此时佐助发现这位少年身穿宇智波家族的家徽衣服，而且还拥有写轮眼。当佐助正想盘问少年的时候，少年已经逃走。及后佐助使用通灵鹰将情报告知鸣人，在鸣人与卡卡西商量过后，认为该名少年的身份只有两个可能，第一就是宇智波家族的倖存者，第二就是大蛇丸的实验体，于是鸣人便亲身会合佐助并打算前往大蛇丸的基地查问究竟。不久，因困惑而紧随鸣人背后的佐助女儿纱罗妲成功独自一人在佐助身处的塔中与多年没见的父亲佐助相见，可是佐助却认为她是此前袭击他的同伴，并持刀指向纱罗妲。 幸好纱罗妲喊出「爸爸」令佐助醒觉持刀指向的是他的女儿，于是放下警觉。纱罗妲面对多年没见的父亲，便一口气质问佐助很多问题，包括自己的亲生母亲是谁和相中带眼镜的女人是谁等问题，然而佐助却无情回答纱罗妲说与她无关。转眼间，黑衣神秘人（本名宇智波信，与子同名）和宇智波信兵团便向他们发动进攻。在双方对战时，黑衣神秘人转向纱罗妲发动进攻，佐助便及时以身挡击，保护了纱罗妲的安全。 然而敌人却向佐助发动连续攻击，了然的小樱及时赶到并以一拳将黑衣神秘人击倒，不过小樱却因此被敌人一起带进基地。有见及此佐助和鸣人决定一同前往大蛇丸基地查问究竟，将小樱救出。在救出小樱后不久，当纱罗妲却问佐助是否与母亲心连心时，佐助肯定回答地回答是，并且说是「因为有了你」，此刻纱罗妲终于了解父母之间的关係确实并非如她当初所想。之后佐助便随小樱等人回去木叶，并拍下了全家照，不久后又再次踏上旅程。
== 术 ==