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針對民眾對空氣品質劣化的擔憂，[[行政院長]][[賴清德]]於2018年3月表示，深澳電廠未來將會使用乾淨的媒，此言論引起相當多民眾議論。台電表示，國際上燃煤的分類大致是以熱值區分，由高至低分別為無煙煤、煙煤、亞煙煤、褐煤及泥煤等，國內發電鍋爐規範選定時會考量很多因素(如燃煤輸儲、購煤限制、空汙排放及鍋爐特性等)，台電在兼顧環保與機組效率考量下，統一採購低硫、低灰、高熱值、低汞的煙煤或亞煙煤搭配混燒，不使用含水量高及熱值低的褐煤、泥煤。此外，深澳電廠採高效率的[[超臨界鍋爐|超超臨界機組]]，還有最先進的汙染防制設施空汙排放濃度接近環保署規定之天然氣排放標準。